中国一流大学代表中国大学最高学术水平。本评价的中国一流大学需同时满足两个条件：1、在中国大学评价中，获得工学前6名、理学、医学、管理学、文学前3名、农学、经济学、法学前2名、历史学、教育学、哲学第1名；2、是中国研究型大学。中国一流大学各学科门的入选数量根据各学科门的博士生导师数量和开设该学科的院校数量确定。
2004中国一流大学的数量与上一年度持平，均为15所，其中天津大学以工学第六名首次进入《中国大学评价》的中国一流大学。
2004中国一流大学名单(共15所)
天津大学的工学在2003年列中国大学第7名。本年度天津大学的工学超过西安交通大学而列第6名，进入中国一流大学行列。西安交通大学以管理学第1名仍列中国一流大学。
2003年，武汉大学的哲学以微弱的优势获得中国大学第1名，进入中国一流大学。本年度，武汉大学的哲学未能继续保持第1名。
南京农业大学的农学是本年度中国大学的第2名，只是因为全校的科研成果总量没有达到研究型大学的标准而未进入中国一流大学。
需要说明，在本科专业分类中，心理学属于理学门，而在研究生专业分类中，心理学属于教育学门。为了避免出现两个教育学第一名，自2003年起，本评价的教育学得分含心理学类各本科专业的得分，北京师范大学因此连续两年获得教育学第一名。如果不包含心理学各专业的得分，则教育学第一名为华东师范大学。
中国一流大学与世界一流大学
英国《Nature》、美国《Science》是国际公认的代表人类最高科学智慧的学术期刊。在《Nature》\《Science》上成批地发表论文是世界一流大学的标志。本评价年度，作为中国一流大学参照目标的3所世界一流大学在《Nature》、《Science》杂志发表的论文数对中国一流大学继续保持绝对优势。中国一流大学中的理学前6名在这两个杂志的发文总数由上年的20篇增加到27篇，连续两年保持30%以上的增长率。其中北京大学达到了创纪录的9篇，而清华大学在多数论文中是第一作者。这些都表明，虽然中国一流大学的基础科学研究水平与世界一流大学仍然距离遥远，但中国大学的不懈努力已经取得一定的成效。
2000-2002年3所世界一流大学与6所中国一流大学在《Nature》、《Science》上发表的论文数对照表
(只统计《Nature》、《Science》文献类型为"Article"、"Letter"、"Review"的论文单位，且不区分第一作者和合作者）
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